Polski papież był jego wychowankiem

Od 1951 r. pełnił posługę w archidiecezji krakowskiej jako koadiutor, wikariusz generalny, a potem administrator apostolski, zachowując lwowską stolicę arcybiskupią z siedzibą w Lubaczowie. W Krakowie uczestniczył we wznowionym po przeniesieniu ze Lwowa procesie beatyfikacyjnym swego poprzednika abp. Józefa Bilczewskiego.

1 grudnia 1952 r. został przesłuchany przez UB, a 2 grudnia uwięziony  w areszcie domowym. 16 grudnia miało miejsce aresztowanie biskupów krakowskich, a 24 grudnia abp. Baziaka zwolniono, zakazując mu sprawowania urzędu i przebywania na terenie archidiecezji krakowskiej, a także na terenie Lubaczowa. Abp Baziak zamieszkał najpierw w Krynicy, a potem w Tarnowie, w mieszkaniu swojej matki.

W grudniu 1956 r. mógł powrócić do Krakowa i z powrotem objąć urząd biskupa, cały czas pozostając pod obserwacją funkcjonariuszy UB, którzy śledzili go nieustannie. Nie zważając na groźby podejmował akcje duszpasterskie, ożywiał ducha modlitwy i pobożności Maryjnej, walczył o prawo budowy kościoła w Nowej Hucie.

W 1959 r. wydał dekret w s   Alina Świeży-Sobel /GN Słuchacze w Książnicy Beskidzkiej z ogromnym zaciekawieniem słuchali opowieści o biskupie wygnaću
prawie procesu beatyfikacyjnego Sługi Bożego Józefa Bilczewskiego i rozpoczęcia procesu informacyjnego. W tym samym roku uzyskał dla Wydziału Teologicznego usuniętego przez władze komunistyczne z Uniwersytetu Jagiellońskiego bezpośrednią podległość władzy kościelnej i papieżowi.

W 1962 r. został mianowany metropolitą krakowskim, na jego prośbę z zachowaniem funkcji administratora apostolskiego archidiecezji lwowskiej.

Zmarł na zawał serca w Warszawie podczas konferencji episkopatu Polski. Dzięki staraniom bp. Wojtyły ciało sprowadzono do Krakowa i pochowano w katedrze na Wawelu. Podczas uroczystości pogrzebowych homilię wygłosili: bp Wojtyła i kard. Stefan Wyszyński.

Mimo wielkiego pragnienia i tęsknoty nie zdołał nigdy powrócić do Lwowa.