Wyraźnie widać, że św. Franciszek pogrążony jest w ekstazie. Nieco zaskakujące może nam się wydać to, że w prawej ręce trzyma on ludzką czaszkę. Ten symbol śmierci jest dla nas wskazówką, o czym myślał Franciszek w chwili ekstazy uchwyconej pędzlem van Dycka.

Inspiracją dla artysty była „Pieśń słoneczna” – modlitwa w formie kantyku przeznaczonego do śpiewania, napisana w 1225 r. przez św. Franciszka. Z lewej strony obrazu widzimy otwartą księgę. Możemy się domyślać, że po zakończeniu ekstazy Franciszek zapisze słowa modlitwy. W „Pieśni słonecznej” znajdują się m.in. refleksje na temat śmierci: „Pochwalony bądź, Panie mój, przez siostrę naszą śmierć cielesną, której żaden człowiek żywy uniknąć nie może. Biada tym, którzy umierają w grzechach śmiertelnych; Błogosławieni ci, których śmierć zastanie w Twej najświętszej woli...”. Aluzją do tych właśnie słów jest czaszka.

Franciszek chorował, kiedy układał swój utwór. W „Kwiatkach Świętego Franciszka”, XIII-wiecznym zbiorze opowiadań o życiu Biedaczyny z Asyżu, jest zawarta opowieść o tym, że święty marzył, by posłuchać muzyki granej na cytrze, która ulżyłaby mu w cierpieniach. Chciał także zaśpiewać swą pieśń przy akompaniamencie tego instrumentu. Poprosił więc współbraci, by pożyczyli u kogoś cytrę. Niestety, nie udało się, jednak mimo to następnej nocy Franciszek usłyszał piękną muzykę dającą mu przez godzinę radość i ukojenie. To przysłany przez Boga anioł muzykował specjalnie dla świętego. Widzimy, jak anioł z cytrą pojawia się w chmurach, w prawym górnym rogu obrazu.