Film „Milczenie” Martina Scorsese to już druga adaptacja powieści japońskiego pisarza Shūsaku Endō. Pisarz osadził wydaną w 1966 r. powieść w konkretnych realiach historycznych, w czasach najbrutalniejszych prześladowań chrześcijan w Japonii na początku XVII wieku. Tym wydarzeniom poświęcił również wydaną kilkanaście lat później powieść „Samuraj”.

„Milczenie” Endō zostało oparte na faktach, występują w nim zarówno postaci historyczne, jak i bohaterowie fikcyjni. Endō był katolikiem, jednak książka wzbudziła w Japonii kontrowersje. Pisarz zadawał trudne pytania. Dlaczego Bóg pozwala na cierpienie i czy tortury mogą usprawiedliwić zdradę? Czy Bóg ją akceptuje? Czy milczy, czy do nas mówi? W swoich powieściach Endō analizuje także trudności wynikające z różnic pomiędzy mentalnością europejską i japońską, która – jego zdaniem – w znacznym stopniu ogranicza proces ewangelizacji. To było zresztą głównym tematem obu utworów.

Pierwszą ekranizację „Milczenia”, mało znaną poza Japonią, zrealizował w 1971 r. Masahiro Shinoda. Film Scorsese wiernie podąża śladami powieści Endō. Dotyczy to zresztą nie tylko przedstawionych w książce wydarzeń, ale też ich interpretacji.