Wyczerpany św. Franciszek znajduje wytchnienie w opiekuńczych objęciach anioła. Ważniejsze jest jednak to, co stało się chwilę wcześniej, a co artysta sugeruje bardzo dyskretnie, eksponując lewą dłoń świętego z wyraźnym śladem po gwoździu. Przed chwilą Franciszek doznał mistycznego doświadczenia stygmatyzacji.

Stało się to w 1224 roku, prawdopodobnie 14 września rano. Święty Franciszek modlił się na górze La Verna (znanej w Polsce pod łacińską nazwą Alvernia). Nagle ujrzał na niebie wiszącego na krzyżu Jezusa. Zbawiciel przybrał postać Serafina, mającego sześć skrzydeł. Po chwili ból przeszył ręce, nogi i bok świętego – złote promienie połączyły Chrystusa i Franciszka. Biedaczyna z Asyżu otrzymał stygmaty – znaki męki Syna Bożego.

Przed Soborem Trydenckim (1545–1563) artyści, malując świętych, przedstawiali zwykle anegdotyczne opowieści z ich życia. Rozwój reformacji, walczącej z kultem świętych, sprawił, że potrzebne stały się inne obrazy – takie, które pokazywałyby naśladowanie przez nich Chrystusa. Sobór Trydencki wzmocnił te tendencje w sztuce. Pod koniec XVI i na początku XVII wieku coraz więcej było więc obrazów wskazujących zarówno na Bożą inspirację w życiu świętych, jak i na pełną akceptację przez Boga ich działalności.

Gentileschi, przedstawiając Franciszka w objęciach anioła, odwołuje się do modlitwy Zbawiciela w ogrodzie oliwnym. Franciszek – jak Syn Boży – jest pocieszany przez anioła. Artysta pokazuje więc w jednym dziele zarówno naśladowanie Chrystusa przez Franciszka, jak i przychylną reakcję Boga, pocieszającego świętego przez swego posłańca.