Stało się to w 1224 roku, prawdopodobnie 14 września rano. Franciszek modlił się na górze La Verna (znanej w Polsce pod łacińską nazwą Alvernia). Nagle ujrzał na niebie wiszącego na krzyżu Jezusa.

Zbawiciel przybrał postać Serafina, mającego sześć skrzydeł. Po chwili ból przeszył ręce, nogi i bok świętego – złote promienie połączyły Chrystusa i Franciszka. Biedaczyna z Asyżu otrzymał stygmaty – znaki męki Syna Bożego. Stygmatów na obrazie nie widzimy, są jedynie zasugerowane rozdarciem habitu na prawym boku świętego, a także ułożeniem jego lewej dłoni. Artysta wyraźnie chciał, byśmy się skupili nie na samym cudzie, lecz na miłości, jaką Bóg przez swego posłańca obdarza Franciszka.

Przy pogrążonym w mroku tle nasz wzrok nieuchronnie zmierza w stronę rozświetlonej postaci anioła, czule obejmującego świętego. Ta odpowiedź z nieba, jaką otrzymał Franciszek, jest głównym przesłaniem dzieła. „Ekstaza św. Franciszka” to pierwszy religijny obraz Caravaggia. Zamówił go u artysty jego długoletni mecenas, kard. Francesco Maria Bourbon del Monte. Caravaggio mieszkał nawet kilka lat w jego pałacu jako dworzanin (dziś budynek ten, znany jako Palazzo Madama, jest siedzibą włoskiego Senatu).

Historycy sztuki doszukują się podobieństwa między twarzami kardynała i jego świętego imiennika. Kardynał del Monte chciał naśladować swego patrona, podobnie jak Biedaczyna z Asyżu naśladował samego Chrystusa.