Mawiał: „Nie dziękujcie mnie, tylko Bogu za talent, który od Niego otrzymałem”.
Pod zmienionym nazwiskiem
Po Krakowie przyszedł czas na Poznań, z którym Nowowiejski związał się na stałe w 1919 roku. Uczył tam w Państwowym Konserwatorium, gdzie prowadził klasę organów i dyrygował orkiestrą. Dał się też poznać jako organizator koncertów, sam zresztą występował z recitalami organowymi. Po wybuchu II wojny światowej ukrywał się najpierw w poznańskim szpitalu sióstr elżbietanek. W obawie przed aresztowaniem, które groziło mu jako twórcy „Roty” i współorganizatorowi plebiscytu na Warmii, wyjechał jednak do Krakowa. Przebywał tam wraz z rodziną pod zmienionym nazwiskiem Warmiński. Przybierając je, podkreślał jednocześnie swoje korzenie. „Udało mu się uzyskać fałszywe papiery i na to wyjechał, a ponieważ świetnie mówił po niemiecku, miał wykształcenie niemieckie, to było mu łatwiej. Miał skrzypce, oficerowie w pociągu chcieli posłuchać, jak gra, nagle zginął smyczek, nie było smyczka i nie mógł zagrać” – wspominał syn Jan.
Ostatnie dwa lata życia znów spędził w Poznaniu. Zmarł tuż po wojnie, 18 stycznia 1946 roku. Pochowano go w Krypcie Zasłużonych kościoła św. Wojciecha. To, jak wyglądał jego pogrzeb, wiele mówi o znaczeniu twórczości kompozytora, a także o jego zasługach w popularyzowaniu polskiej kultury. Oddajmy raz jeszcze głos Janowi Nowowiejskiemu: „Pochód żałobny szedł kilka godzin – a w nim znalazły się orkiestry – jedna za drugą, rozmaite organizacje, chóry, tłumy ludzi niosących sztandary i wieńce. Za trumną ze zwłokami Ojca, umieszczoną na wojskowej lawecie, kroczyli w dwudziestostopniowym mrozie księża, mieszkańcy Poznania i Wielkopolski: szamotulanie i bambrzy w ludowych strojach, i oczywiście najbliższa rodzina. (…) Na Starym Rynku, który wtedy jeszcze był w runie, tłum śpiewał »Rotę«, by udowodnić swoją cześć dla wielkiego rodaka”.
Jeden z najważniejszych filmów w historii polskiej kinematografii.